Proteinkodierende Gensequenzierung mit AccuGENX-ID® ProSeq
Gelegentlich gibt es Organismen, die zu sehr verwandt sind und einen hohen Konservierungsgrad in den ribosomalen RNA-Regionen aufweisen, sodass sie bei der 16S-Sequenzierung nicht voneinander getrennt werden können (unser „Arten*“-Konfidenzniveau, das darauf hinweist, dass es sich bei den unbekannten Übereinstimmungen um zwei oder mehr eng verwandte Arten handelt).
Webinar: Burkholderia cepacia-Komplex |
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Der Dienst zur Identifizierung von Bakterien mit AccuGENX-ID® ProSeq ist eine stark selektive und äußerst genaue sequenzbasierte Methode, die zur Identifikation von sehr eng verwandten Mikroorganismen auf Artenebene eingesetzt werden kann. Ergebnisse werden durch die Analyse von proteinkodierenden Genen erzielt.
Wenn der AccuGENX-ID®-Bericht ein Arten*-Konfidenzniveau enthält (das angibt, dass sich das Identifizierungsergebnis auf die Gruppen- oder Komplexebene bezieht) und wenn wir das Zielgen bestimmt haben, das als Unterscheidungsmerkmal zwischen den verschiedenen Arten in dieser Organismengruppe dient, können Kunden unseren Identifizierungsdient mit ProSeq anfordern.
Zu den infrage kommenden Bakterienarten gehört unter anderem der Burkholderia cepacia-Komplex (BCC).
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Welche Methoden werden zur Identifizierung von Bakterien eingesetzt?
Die 16s-rRNA-Sequenzierung gilt als der Goldstandard für die Identifizierung von Bakterien. Die vergleichende Sequenzierung des 16S-rRNA(ribosomale Ribonukleinsäure)-Gens in Bakterien hat sich als die genaueste und am besten reproduzierbare Methode zur Identifizierung unbekannter Mikroorganismen erwiesen. Die Technologie ist grundsätzlich stabil und ergibt reproduzierbare Daten für die Identifizierung. Eine weitere geeignete Methode zur Identifizierung von Bakterien ist die MALDI-TOF-Massenspektrometrie (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight). Das Ergebnis dieses MALDI-TOF-Prüfverfahrens ist ein einzigartiger spektraler Protein-Fingerabdruck, der zu Identifizierungszwecken mit einer Bakterien-Datenbank verglichen werden kann. Eine Vielzahl phänotypischer Identifizierungsmethoden stehen ebenfalls für die Identifizierung von Bakterien zur Verfügung. Allerdings sind diese biochemischen und metabolischen Prüfungen von Natur aus subjektiv und bieten nicht genügend Unterscheidungsmerkmale, um genaue und reproduzierbaren Identifizierungsergebnisse zu liefern. Unser Dienst zur Identifizierung von Bakterien arbeitet mit 16s-rRNA-Sequenzierung sowie MALDI-TOF-Optionen, da dies die zuverlässigsten Methoden sind.
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Warum ist eine genaue Identifizierung von Bakterien wichtig?
Die genaue Identifizierung von Bakterien spielt für Umgebungsmonitoring-Programme in der Pharmaindustrie und anderen regulierten Produktherstellungsbranchen eine wichtige Rolle. Die Identifizierung unbekannter Isolate ist ein bedeutender erster Schritt, um das Ausmaß der Gefährdung zu verstehen, die Mikroorganismen für die Herstellungsumgebung, das Endprodukt und folglich für den Patienten darstellen. Dienste zur genauen Identifizierung von Bakterien, die Tracking- und Trending-Lösungen für Umgebungsmonitoring-Daten bereitstellen, helfen dabei, eine klare Grundansicht der mikrobiellen Flora in der Anlage aufrechtzuerhalten, sodass ungewöhnliche Aktivität frühzeitig erkannt wird und rechtzeitig Abhilfe geschaffen werden kann.
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Was sind die kritischen Faktoren für die genaue Identifizierung von Bakterien?
Die Referenzbibliothek für Organismen ist ein grundlegender Bestandteil des Bakterien-Identifizierungsprozesses. Ein bakterielles Isolat kann ohne einen passenden Arten-Eintrag in der Datenbank nicht akkurat identifiziert werden. Aus diesem Grund ist eine relevante und validierte Referenzbibliothek genauso wichtig wie die Technologie und Methode zur Identifizierung von Bakterien. Neben dem Vergleich mit Bibliothekseinträgen sind die Auswertung der Sequenz und die Berichterstellung ebenfalls unverzichtbare Bestandteile des Prozesses zur Bakterien-Identifizierung.
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Welche mikrobiellen Proben müssen identifiziert werden?
Isolate, die im Zuge von Umgebungsmonitoring-Tests, Keimbelastungstests oder Sterilitätsprüfungen entdeckt werden, sollten zur Identifizierung eingesandt werden.
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How is 16S rRNA gene sequencing used to identify bacteria?
The 16S rRNA gene is present in all bacteria, and contains conserved and variable regions. The sequences are compared and a phylogenetic tree is assembled to demonstrate the difference in base pairs. These differences are compared to our validated Accugenix library for an identification.
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What is 16S rRNA gene sequence analysis?
The 16S rRNA gene is extracted from the unknown isolate, primers are then used to amplify the 16S rRNA gene to produce a specific sequence. This sequence allows for discrimination between similar bacteria. The DNA sequence is assessed for quality, assembled, and compared to our validated Accugenix library. To learn more about the process and our Accugenix service click here.