Serviço de identificação de bactérias: AccuGENX-ID® BacSeq
Para vários organismos, a identificação fenotípica tradicional é problemática, leva muito tempo e pode ocasionar uma interpretação subjetiva dos resultados da identificação bacteriana. Nem todas as cepas de determinada espécie de bactéria apresenta consistentemente uma característica particular, limitando, portanto, os métodos de identificação fenotípica. Além disso, os bancos de dados da biblioteca utilizados como apoio para a identificação fenotípica são limitados.
O processo do nosso serviço de identificação de bactérias AccuGENX-ID® BacSeq obedece ao método de referência usado pelos taxonomistas, porque oferece os dados de sequenciamento mais precisos e confiáveis para as identificações. Quando esse processo é combinado com a biblioteca Accugenix® validada e com cobertura total, a análise filogenética resultante é inigualável.
Guia de relatórios de identificação AccuGENX-ID® |
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O AccuGENX-ID® BacSeq da Charles River identifica micro-organismos por meio do sequenciamento comparativo do gene 16S ribossomal RNA (rRNA) nas bactérias. O sequenciamento de DNA de bactérias é avaliado quanto à qualidade, coletado e comparado com a biblioteca Accugenix® validada. Uma árvore filogenética é interpretada por analistas de dados treinados para fazer a caracterização e a identificação das bactérias.
Nossos filogeneticistas em microbiologia usam uma combinação de variabilidade genética, ordem de ramificação da árvore genealógica e conhecimento da variação entre espécies ao interpretar os relatórios de identificação de bactérias e atribuir o nível de confiança taxonômica.
Os métodos patenteados empregados pelo serviço de identificação de bactérias da Charles River comparam sequências de amostras contra bibliotecas próprias de cobertura total, têm como resultado a interpretação conclusiva de dados e fazem identificações com níveis de confiança atribuídos baseados em análises filogenéticas.
O uso deste método cientificamente comprovado e nossa biblioteca própria de bactérias validada e continuamente curada oferecem as mais precisas identificações de bactérias. A terceirização das identificações de bactérias para nossos laboratórios de testes contratados e credenciados na ISO 17025 e em conformidade com as normativas cGMP (Current Good Manufacturing Practice, Boas Práticas de Fabricação) pode ajudar a economizar tempo e recursos para outras tarefas importantes de QC.
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What techniques are used to identify bacteria?
Bacterial DNA sequencing of the 16s rRNA sequencing is known as the gold standard for bacterial identification. Comparative sequencing of the 16S ribosomal RNA (rRNA) gene in bacteria has been proven to be the most accurate and reproducible method for identifying unknown organisms. The Bacterial DNA sequencing technology is inherently stable, which allows for reproducible data for identification. Another suitable method for bacterial identification is matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry. The MALDI-TOF testing process yields a unique protein spectral fingerprint that can be compared to a bacterial database for identification. A variety of phenotypic identification methods are also available for bacterial identification, however, these biochemical and metabolic tests are subjective by nature and do not provide enough discrimination to offer accurate and reproducible identification results. Our bacterial identification services offer 16s rRNA sequencing and MALDI-TOF options because they are the most reliable methods.
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Why is accurate bacterial identification important?
Accurate bacterial identification is critical for environmental monitoring (EM) programs in pharmaceutical and other regulated product manufacturing industries. Identification of unknown isolates is an essential first step in understanding the risk that microorganisms have on the manufacturing environment, final product, and subsequently the patients. Accurate bacterial identification services that provide EM data tracking and trending solutions help maintain a clear baseline view of the facility’s microbial flora so that unusual activity is recognized early and there is time for remediation.
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What are the critical elements of accurate bacterial identification?
The organism reference library is an essential part of the bacterial identification process. A bacterial isolate cannot be accurately identified without a matching species entry in the database. Therefore, a relevant and validated reference library is equally as important as the technology and methodology used to identify bacteria. Aside from library comparison, interpretation of the sequence and report generation are also critical parts of the bacterial identification process.
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What microbial samples require identification?
Any isolates detected during environmental monitoring testing, bioburden testing, or sterility testing should be submitted for identification.
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How is 16S rRNA gene sequencing used to identify bacteria?
The 16S rRNA gene is present in all bacteria, and contains conserved and variable regions. The sequences are compared and a phylogenetic tree is assembled to demonstrate the difference in base pairs. These differences are compared to our validated Accugenix library for an identification.
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What is 16S rRNA gene sequence analysis?
The 16S rRNA gene is extracted from the unknown isolate, primers are then used to amplify the 16S rRNA gene to produce a specific sequence. This sequence allows for discrimination between similar bacteria. The DNA sequence is assessed for quality, assembled, and compared to our validated Accugenix library. To learn more about the process and our Accugenix service click here.